药学院创建于2001年，拥有药学一级学科博士点、药学博士专业学位点、“细胞生长因子与疾病”交叉学科博士点、中韩合作办学药学专业博士项目、药学一级学科学术型硕士点、药学硕士专业学位点；药学一级学科博士后科研流动站。药理学与毒理学进入ESI全球前0.526‰。药学学科是浙江省登峰学科、浙江省重点建设大学优势特色学科，药学进入软科中国最好学科前7%，在教育部第五轮学科评估结果中，药学学科取得优异成绩。设有药学、生物制药、临床药学(3个本科专业均入选国家级一流本科专业建设点)，药学（生物药学创新实验班）、药物经济与管理及1个四年制本科留学生药学专业，已形成本科、硕士、博士一体化药学人才培养体系，现有在校生2000余人。

学院现有教职工197人，拥有中国工程院院士、长江学者特聘教授、国家“杰青”项目获得者、国家“万人计划”科技创新领军人才、国家优秀青年基金获得者等国家级人才26人次。教师团队入选全国高校黄大年式教师团队和全国工人先锋号，现有全国最美教师、全国优秀教师、全国五一劳动奖章等先进典型；教育部教学指导委员会委员4人。

学院拥有大分子药物与规模化制备全国重点实验室、细胞生长因子药物和蛋白制剂国家工程研究中心、省部共建生物医药协同创新中心（教育部）、细胞生长因子科学与药物转化国际科技合作基地等4个国家级科研平台和5个省级科研平台。近10年来，承担了包括国家重点研发计划、国家新药创制重大科技专项等国家级重大项目、立项国家自然科学基金250余项；以第一作者或通讯作者单位在Nature主刊、Nature Reviews Drug Discovery、Cell Metabolism、Circulation等期刊发表论文700余篇，生长因子论文数、引用率全球第一；围绕生长因子研发获新药临床批件4个；获国家自然科学二等奖、国家科技进步二等奖、国家技术发明二等奖等国家科技奖5项和省部级科技一等奖6项。

学院拥有教育部首批虚拟教研室（生物制药专业）1个，全国高校实践育人创新创业基地1个。国家级优质课程6门。获国家级教学成果二等奖2项，省级教学成果奖特等奖等4项。学生培养成效显著，近5年来，获中国国际大学生创新大赛金奖等18项、全国“挑战杯”金奖等20项，全国大学生“药苑论坛”创新成果一等奖等15项。暑期社会实践团入选全国示范性团队，获全国高校毕业生基层就业卓越奖、全国大学生自强之星等荣誉。

学院高度重视校企医相结合，以交叉学科博士点“细胞生长因子与疾病”与临床医学学科共建；与恒瑞、科伦、海正等国内著名药企建立药物联合研发平台和产教融合基地；与温州市政府共建瓯江实验室、“中国基因药谷”。经过20余年的探索，学院形成了“政产学研医”深度融合的“大药学”发展模式。

学院坚持立德树人，药学系党支部获教育部高校“双带头人”教师党支部书记工作室、全国高校“双带头人”教师党支部书记“强国行”专项行动团队，生物制药系党支部入选全国党建工作样板支部，学院党委是浙江省首批高校党建工作标杆院系，入选教育部思政精品项目1项，获“讲好中国故事”创意传播大赛全国一等奖2项。牵头发起“肤生工程”公益项目获第七届“浙江慈善奖”。

学院以“奋发 传承 创新 兼容”为发展理念，聚焦“双一流”建设战略目标，为建设特色引领、协调发展、国内一流、国际领先的高水平药学院而接续奋斗。（数据更新至2025年10月）